НДІ фітотерапії Ужгородського національного університету організовано згідно з рішенням Вченої ради університету (за № 3 від 27 березня 1992 року) та наказом Мінвузу України (за № 65 від 31 березня 1992 року) на базі «Проблемної науково-дослідної лабораторії фітопрофілактики передракових захворювань органів травлення», яка існувала при кафедрі пропедевтики внутрішніх хвороб медичного факультету УжНУ. Таким чином, Інститут існує і працює 21 рік.

До сьогодні це єдиний науковий заклад такого профілю в Україні. Створення інституту обумовлене виконанням державних науково-технічних програм: «Українська державна програма ліквідації наслідків Чорнобильської катастрофи», «Створення, вивчення та впровадження в практику охорони здоров’я нових високоефективних лікарських засобів», «Нові фізико-технічні методи діагностики та корекції порушень діяльності організму на клітинному та субклітинному рівнях», «Дослідження патофізіології променевого ураження шлунково-кишкового тракту та розробка профілактичних і лікувальних антипроменевих засобів».

НДІ фітотерапії всебічно вивчено та апробовано для використання в лікувально-профілактичній практиці понад 100 екологічно чистих лікарських рослин Закарпаття. Це лікарські рослини, які діють на нервову систему (стимулюючі, заспокійливі, спазмолітичні), серцево-судинну систему (серцеві глікозиди, що мають гіпотензивну, антиаритмічну, антисклеротичну дію), рослини з діуретичною, антинабряковою, антирадіаційною, послаблюючою, кровоспинною, протизапальною, антивиразковою, протимікробною, протипаразитарною, протиглистною, гіпоазотемічною та антирадіаційною дією, рослини-біостимулятори.

Виконано 6 науково-дослідних робіт по держбюджету та 11 госпдоговірних. 

За понад 20 років копіткої, творчої, злагодженої праці колективом НДІ фітотерапії розроблено і впроваджено в практику високоефективні фітозасоби, зокрема:

• „Карпатський” – дезінтоксикаційний фіточай;
• „Кратефіт” – антисклеротичний, гіпотензивний, кардіоседативний, імуностабілізуючий фіточай;
• настоянка „Ехінофіт” – імуностимулятор для профілактики захворювань, викликаних малими дозами радіаційного опромінення;
• фіточай „Ехінофіт” – імуностимулятор для профілактики захворювань, викликаних малими дозами радіаційного опромінення;
• „Порошок кореня кульбаби” –  для покращення функції печінки та жовчного міхура;
• „Фітодраже” – ентеросорбент;
• „Фітохруст” – ентеросорбент;
• „Фітомед” – для покращення функції органів травлення;
• „Фітосорб” – сорбент для покращення функції кишківника;
• „Цеофітосорб” – сорбент для покращення функції кишківника;
• фіточаї  серії „Бебівіта”, які запущені у масове виробництво компанією «ХІПП-Ужгород» та дістали високу оцінку в Україні:
• фіточай дитячий для профілактики захворювань органів дихання;
• фіточай дитячий шлунковий;
• фіточай дитячий загальнозміцнюючий;
• фіточай дитячий для покращення травлення;
• фіточай дитячий кминовий;
• фіточай дитячий фенхелевий;
• фіточай для підвищення лактації;
• фіточай для профілактики гестозів першої половини вагітності;
• фіточай для профілактики гестозів другої половини вагітності;
• фіточай для профілактики гіповітамінозів у дітей.
• фітованни серії „Бебівіта”(виробництво компанії «ХІПП-Ужгород):
• фітованна для немовлят з череди;
• фітованна для немовлят з любистку;
• фітованна для немовлят з календули і кропиви;
• безалкогольний фітонапій з антистресовими властивостями;
• серія фітокомпозицій на основі збагаченої йодом столової води «Йодіс»:
• «Йодіс-календула» для збереження здоров’я жінки;
• «Йодіс-фітометабол» для профілактики поєднаної патології внутрішніх органів.
• «Йодіс-тараксацин» для профілактики атеросклерозу та порушень гепатобіліарної сфери.

Популярністю серед медичної громадськості та населення користуються написані науковцями- співробітниками Інституту монографії та учбові посібники:

• «Фітотерапія» (1993),
• «Радіація. Здоров’я. Радіопротекція» (1996, 2011),
• «Твоє здоров’я в твоїх руках» (2000),
• «Екологія, природне харчування, здоров’я» (2002),
• «Практична дієтологія» (2004, 2009),
• «Клінічна фітотерапія» (2008),
• «Рекомендації для збереження здоров’я» (2009),
• «Алкоголь і куріння – у путах рабської залежності» (2009),
• «Йод – стимул життя. Йодна недостатність» (2010),
• «Розвантажувально-дієтична терапія в комплексі оздоровлення людини» (2011).

Ефективні методики лікування та раціональні рецепти фітопродуктів, розроблені НДІ фітотерапії, успішно клінічно апробовані та широко впроваджені в практику лікувальних закладів Закарпаття, м. Ужгорода, зокрема Ужгородської центральної міської клінічної лікарні, санаторіїв та санаторіїв-профілакторіїв Закарпаття, територіальних медичних об’єднань України та зарубіжжя.

Значні наукові здобутки та великий досвід по оздоровленню потерпілих внаслідок Чорнобильської трагедії дали змогу розробити концепцію оздоровлення населення України, яка базується на використанні фітопрепаратів і фітопродуктів імунокорегуючої, онкопротекторної та антисклеротичної дії і знайшла схвалення Вченої ради МОЗ України та медичної громадськості України.

Розроблена та успішно втілена в практику програма оздоровлення населення Закарпаття, яке зазнало небувалого стихійного лиха (паводки 1998, 2001 рр.).

Останніми роками робота НДІ фітотерапії була спрямована на профілактику йододефіцитних захворювань в ендемічному по зобу регіоні Закарпаття. Проведено широкомасштабну профілактику серед школярів, вагітних жінок та матерів, що годують немовлят. Профілактичні заходи проводилися із застосуванням йодовмісних засобів вітчизняного виробництва: цикорлакт йодований, «Йодіс-концентрат», «Ламідан», «Барба-йод», «Модифілам-Ламінарин» тощо. Наші дослідження підтвердили на практиці доцільність застосування йодовмісних засобів для збереження здоров’я населення. Узагальнення наукових досліджень висвітлені в Методичних рекомендаціях, затверджених МОЗ та АМН України, - «Застосування натурального поліфункціонального лікувально-профілактичного продукту з морських ламінарієвих водоростей в медичній практиці» (Київ, 2010).

Напрацювання НДІ фітотерапії увійшли в два інноваційні проекти наукового парку «Ужгородський національний університет», затверджені на сесії Закарпатської обласної ради: «Проведення раціональної профілактики йодної недостатності у школярів Закарпаття» та «Впровадження методів профілактики ендоекологічних захворювань в умовах паводків та катастроф» (2010-2012 рр.).

Підсумки наукових здобутків НДІ фітотерапії висвітлені в матеріалах міжнародних та республіканських наукових конференцій, представлені на республіканських та систематичних щорічних виставках, у кандидатських та докторських дисертаціях, захищені авторськими правами та патентами. Науковцями НДІ фітотерапії всього написано понад 300 публікацій, отримано 12 патентів на винаходи і корисні моделі. За матеріалами науково-дослідної роботи Інституту захищено 2 докторські і 7 кандидатських дисертацій.

НДІ фітотерапії співпрацює з кафедрами факультетської терапії, пропедевтики внутрішніх хвороб медичного факультету, охорони материнства і дитинства факультету післядипломної освіти, кафедрами хімічного, фізичного і біологічного факультетів УжНУ; кафедрою фармакології національного медичного університету ім. Богомольця (м. Київ); Київським національним торгово-економічним університетом, інститутом фізики НАН України (м. Київ), інститутом екології людини (м. Київ), ДУ "Науковий центр радіаційної медицини НАМН України" (м. Київ), відділенням натуральної медицини Кошіцького університету ім. Шафарика (м.Кошіце, Словаччина), Словацьким аграрним університетом та інститутом збереження біорізноманіття (м.Нітра, Словаччина), фірмами „Агрокарпати” (Словаччина), «ХІПП-Ужгород ГмбХ», «Йодіс» (м.Київ), які випускають продукцію інституту, «Ламідан» (м. Одеса), «Зеленая кладовая здоровья» (м. Дніпропетровськ),  а також санаторієм «Квітка полонини» (Закарпаття).

При тісній співпраці з мережею «Закарпаткурорт» на базі санаторію «Карпати» було проведено першу Всеукраїнську гастроентерологічну школу-семінар (1993), на базі санаторію «Поляна» – міжнародну науково-практичну конференцію „Оздоровче природне харчування, розвантажувальна дієтотерапія” (2000). Широкої популярності та доброго відголосу набуло проведення з середини  минулого десятиліття міжнародних науково-практичних конференцій, присвячених актуальним питанням теорії і практики охорони здоров’я, фітопрофілактики та фітотерапії, нетрадиційним методам лікування, сучасним технологіям вирощування та заготівлі лікарських росли, розробці та апробації нових ефективних рецептур рослинних засобів для дітей та дорослих, йодній профілактиці ендемічних патологій.

Упродовж останніх років на високому організаційному і науковому рівні на базі санаторію «Квітка полонини» (головлікар – засл. лікар України П.П. Ганинець) пройшли міжнародні міждисциплінарні науково-практичні конференції:«Актуальні теоретичні та клінічні аспекти фітотерапії» (2007), «Довкілля і здоров’я людини» (2008), «Біогеохімічні аспекти збереження здоров’я людини» (2010), «Екзо-та ендоекологічні аспекти здоров’я людини» (до 25-річчя Чорнобильської трагедії» (2011), «Фітоапітерапія: минуле і майбутнє» (2013), «Вода і здоров’я людини» (2013). До початку роботи конференцій регулярно видавалися збірники наукових праць (2000, 2007, 2008, 2010, 2011, 2012, 2013 рр.).

Плани на майбутнє: особливої уваги вимагає втілення в практику раціональних рекомендацій, які випливають із результатів виконаних наукових досліджень, численних клінічних спостережень, прийнятих на конференціях резолюцій. Нас не може не турбувати, що останнім часом зростає і молодшає остеопороз. Тому одним з першочергових завдань є розробка програми по зміцненню здоров’я підростаючого покоління з використанням нано-фітопрофілактики остеопорозу на фоні йододефіциту та патології органів травлення. Важливим є  також розширення міжнародних контактів з клініко-екеспериментального дослідження нових нанофітопрепаратів, розроблених українськими вченими.