Першим директором НДІ політичної регіоналістики з 2009 по 2013 роки був доктор історичних наук, професор Микола Вегеш. 

З вересня 2013 року його очолює кандидат історичних наук, професор кафедри політології і державного управління факультету суспільних наук УжНУ Маріан Токар.

 Головним органом управління Інституту є Наукова рада (НР), яка визначає загальні напрямки його діяльності.

До її складу входять:

• Токар Маріан Юрійович, кандидат історичних наук, професор (Голова НР);
• Асланов Стелас Романович, кандидат політичних наук, доцент;
• Гайданка Євгеній Іванович, кандидат політичних наук, доцент;
• Остапець Юрій Олександрович, кандидат політичних наук, доцент;
• Петрецький Віктор Васильович, кандидат історичних наук, доцент (Секретар НР);
• Тополянський Сергій Іванович, пр. спец., т.в.н.;
• Шелемба Михайло Михайлович, аспірант.

 Діяльність НДІ політичної регіоналістики здійснюють Науково-дослідні відділи, які виконують головні науково-прикладні завдання, планові дослідні проекти, іншу роботу згідно з положенням про Інститут.

Науково-дослідні відділи:

• відділ політичної регіоналістики (куратор Маріан Токар);
• відділ етнополітології (куратор Стелас Асланов);
• відділ аналізу емпіричних показників (куратор Євгеній Гайданка);
• відділ моніторингу громадської думки (куратор Юрій Остапець).

 Результати науково-дослідної роботи опрацьовує і подає у формі видавничого продукту Редакційно-видавничий відділ Інституту, який здійснює аналіз звітів науково-дослідної роботи й рекомендує до публічного висвітлення її результатів у вигляді наукових статей, брошур, монографій, проводить програмно-презентаційну підготовку наукових форумів та ін.

При Інституті діє видавнича серія «Studia Regionalistica», редколегія інформаційно-аналітичного журналу «Регіоналістика», а також формуються фонди Архіву-музею політичної історії Закарпаття, що має (за домовленістю) власну площу на просвітницько-пізнавальному порталі «заКарпатія» (www.zakarpatia.com).

Редакційно-видавничий відділ:

•   Тополянський Сергій Іванович, пр. спец., т.в.н., (куратор відділу);
•  Токар Маріан Юрійович, кандидат історичних наук, професор (керівник проекту «StudiaRegionalistica»).

 Функції здійснення інформаційного супроводу науково-дослідної, видавничої, публічної та іншої роботи покладено на Інформаційний відділ Інституту. До його компетенцій віднесено зв’язки із засобами масової інформації та підготовка й поширення інформаційних довідок щодо діяльності Інституту.

Інформаційний відділ:

•  Петрецький Віктор Васильович, кандидат історичних наук, доцент (куратор відділу).