Кафедра ботаніки була створена 28 листопада 1945 року на біологічному факультеті тільки-но відкритого Ужгородського університету. Її першим керівником став відомий цитоембріолог Х.Ю. Руденко. Хома Юхимович, як блискучий організатор, не тільки очолив з перших днів кафедру і факультет, організував і налагодив роботу ботанічного саду УжДУ, але й створив цитоембріологічну школу, першою ученицею якої стала Віра Юріївна Мандрик.

На факультеті у березні 1946 року була створена ще одна кафедра ботанічного профілю – кафедра квіткових рослин. Очолив її перший доктор наук у складі викладацького корпусу УжДУ, відомий вчений-флорист, професор П.Д. Ярошенко. На той час кафедра ботаніки була перейменована на кафедру нижчих рослин, а кафедра квіткових рослин – на кафедру вищих рослин. У листопаді 1946 року обидві ботанічні кафедри об'єднуються в одну – кафедру вищих рослин, під керівництвом доктора біологічних наук, професора Х.Ю. Руденка. У 1950 році назва кафедри змінюється на кафедру морфології і систематики рослин, а в 1968 році їй повернено історично первинну назву – кафедра ботаніки.

За ці роки кафедра ботаніки Ужгородського національного університету сформувалась у потужний освітньо-науковий осередок. У різний період за її викладацькою трибуною стояли чудові педагоги-ботаніки: професори П.Д. Ярошенко, Х.Ю. Руденко, С.С. Фодор, В.І. Комендар, В.Ю. Мандрик, доценти Й.М. Чернекі, М.І. Бедей, М.М. Чубірко, О.С. Сидор, Ю.Ю. Петрус, старший викладач Д.Т. Арсірій, асистент М.В. Дубанич.

Майже півтори тисячі випускників-ботаніків покинули стіни біологічного факультету з дипломом про вищу освіту. 16 з них стали докторами наук і понад 40 – кандидатами біологічних наук. Нинішній педагогічний колектив кафедри ботаніки представлений викладачами, що відзначається творчою амбіційністю і високою професійною кваліфікацією – це доктор біологічних наук, професор Л.М. Фельбаба-Клушина,  кандидати наук, доценти В.І.Сабадош, І.В. Бесеганич, О.Б. Колесник, Я.С. Гасинець, викладачі А.Д. Сойма та Р.Я.Кіш.

Викладацький склад кафедри ботаніки приймає участь у виконанні навчального плану підготовки студентів ряду факультетів Ужгородського університету. Забезпечується читання нормативних дисциплін для біологів: "Ботаніка" (розділи: "Альгологія", "Морфологія рослин", "Вищі рослини"), "Загальна цитологія", "Анатомія рослин", "Мікологія", "Математичні методи в біології", "Ембріологія рослин", "Системний аналіз в біології", "Геоботаніка" та спецкурсів за спеціалізацією "Ботаніка": "Географія рослин", "Систематика квіткових рослин", "Екологія з основами популяційної біології рослин" та ряд інших. Для студентів-екологів хімічного факультету читається курс "Заповідна справа", для медиків-фармацевтів – "Медична ботаніка", а на факультетах романо-германської філології, суспільних наук та історичному – "Основи екології".

Кафедрою ботаніки регулярно проводяться наукові конференції. Так, у 2010 році проведена міжнародна наукова конференція, присвячена 130-річчю від дня народження Антонія Маргіттая: «Два сторіччя дослідження рослинного покриву Карпат». У вересні 2012 року відбулася міжнародна конференція молодих учених «Актуальні проблеми ботаніки та екології», в роботі якої прийняли участь науковці як з країн СНГ, так і Європи.